MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Selenomonas ruminantium subsp. lactilytica TAM6421 plasmid pSRC3

Total Repeats: 172

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017073	ATGCA	2	10	1205	1214	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017073	TA	3	6	1221	1226	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017073	ATT	2	6	1330	1335	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017073	T	6	6	1334	1339	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017073	A	6	6	1408	1413	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017073	CAT	2	6	1732	1737	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017073	TTC	2	6	5130	5135	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017073	ACA	2	6	5150	5155	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_017073	AT	3	6	5158	5163	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017073	A	7	7	5196	5202	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017073	GCA	2	6	5213	5218	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017073	ACA	2	6	7358	7363	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017073	TTATTT	2	12	7381	7392	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017073	A	7	7	7416	7422	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017073	CCA	2	6	7428	7433	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_017073	TAG	2	6	7446	7451	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017073	TTC	2	6	19963	19968	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017073	AGAAA	2	10	20026	20035	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017073	AAAGA	2	10	20060	20069	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017073	ATA	2	6	20102	20107	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017073	A	8	8	20107	20114	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017073	A	7	7	20141	20147	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017073	TAT	2	6	20153	20158	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017073	CTT	2	6	20165	20170	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017073	TTG	2	6	20178	20183	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017073	ATTGAA	2	12	20192	20203	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017073	AGG	2	6	20207	20212	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017073	A	6	6	21058	21063	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017073	T	6	6	21083	21088	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017073	TCC	2	6	21315	21320	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_017073	ATA	2	6	21326	21331	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017073	AT	4	8	21336	21343	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017073	ATT	2	6	21347	21352	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017073	GCAA	2	8	21365	21372	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_017073	TCC	2	6	21989	21994	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_017073	CAAA	2	8	21998	22005	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_017073	A	7	7	22003	22009	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017073	TA	3	6	28955	28960	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017073	CCT	2	6	28996	29001	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_017073	TGT	2	6	29069	29074	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017073	A	6	6	29159	29164	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017073	G	6	6	29168	29173	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017073	T	6	6	29259	29264	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017073	TCC	2	6	29646	29651	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_017073	TTC	2	6	29705	29710	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017073	A	6	6	30114	30119	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017073	TTA	2	6	30152	30157	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017073	AGGA	2	8	30194	30201	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017073	CGG	2	6	30255	30260	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017073	TG	3	6	30310	30315	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017073	A	6	6	30337	30342	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017073	CAC	2	6	30362	30367	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_017073	AT	3	6	30428	30433	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017073	AAT	2	6	30454	30459	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017073	AAGCC	2	10	30573	30582	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_017073	C	6	6	33659	33664	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
57	NC_017073	AGGGT	2	10	33695	33704	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017073	CTC	2	6	33728	33733	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_017073	CCCT	2	8	33739	33746	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
60	NC_017073	TCACA	2	10	34831	34840	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_017073	A	6	6	34850	34855	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017073	TG	3	6	35820	35825	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017073	AG	3	6	35848	35853	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017073	CAT	2	6	39747	39752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017073	TTTG	2	8	40590	40597	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017073	A	6	6	40602	40607	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017073	CTG	2	6	40765	40770	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_017073	CTA	2	6	40940	40945	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017073	CAC	2	6	41270	41275	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_017073	TA	3	6	41454	41459	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017073	GCAG	2	8	41462	41469	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_017073	AT	3	6	41534	41539	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017073	AT	3	6	41574	41579	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017073	TAAG	2	8	41638	41645	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017073	AGCGA	2	10	41674	41683	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017073	AGCGA	2	10	41694	41703	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017073	C	6	6	41740	41745	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
78	NC_017073	C	6	6	41748	41753	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
79	NC_017073	AT	3	6	41758	41763	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017073	A	7	7	41800	41806	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017073	T	6	6	41816	41821	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017073	CGG	2	6	41844	41849	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_017073	TA	3	6	41898	41903	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017073	CT	3	6	41960	41965	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_017073	TCT	2	6	42126	42131	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_017073	A	6	6	42186	42191	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017073	CGT	2	6	42203	42208	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017073	CCG	2	6	42326	42331	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_017073	GCG	2	6	42349	42354	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017073	C	7	7	42372	42378	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
91	NC_017073	CA	3	6	42381	42386	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_017073	TA	3	6	42425	42430	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017073	T	6	6	42458	42463	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017073	TGGTA	2	10	42587	42596	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017073	T	6	6	42729	42734	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017073	ACTAT	2	10	42762	42771	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017073	T	8	8	42779	42786	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017073	CA	3	6	42824	42829	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_017073	ATA	2	6	42832	42837	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017073	A	6	6	42852	42857	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017073	TAATA	2	10	42887	42896	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017073	ACA	3	9	42909	42917	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_017073	GGGA	2	8	42960	42967	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017073	GGCA	2	8	42978	42985	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
105	NC_017073	GA	3	6	43034	43039	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017073	T	7	7	43615	43621	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017073	CGGGGC	2	12	43909	43920	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_017073	AAG	2	6	43938	43943	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017073	GGAA	2	8	43944	43951	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017073	CGGGC	2	10	44185	44194	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
111	NC_017073	CGG	2	6	44647	44652	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017073	ATGG	2	8	45731	45738	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017073	GGA	2	6	50344	50349	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017073	GGA	2	6	50784	50789	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017073	AGG	2	6	51753	51758	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017073	ACA	2	6	51761	51766	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017073	A	6	6	52264	52269	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017073	GGA	2	6	52305	52310	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017073	AGG	2	6	52313	52318	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017073	GGA	2	6	53143	53148	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017073	TG	3	6	53171	53176	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017073	GT	3	6	53184	53189	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017073	GA	3	6	53215	53220	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017073	CT	3	6	54392	54397	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_017073	TTAG	2	8	55136	55143	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017073	CT	3	6	56100	56105	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_017073	GGC	2	6	56141	56146	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_017073	TATCT	2	10	64286	64295	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017073	ATT	2	6	64315	64320	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017073	TCC	2	6	66040	66045	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
131	NC_017073	CAA	2	6	66117	66122	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_017073	ATA	2	6	66124	66129	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017073	ATA	2	6	66169	66174	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017073	TCC	2	6	70044	70049	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_017073	G	6	6	70068	70073	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017073	TTAT	2	8	70745	70752	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017073	CA	3	6	70927	70932	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_017073	T	7	7	70937	70943	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017073	TA	3	6	70975	70980	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017073	A	6	6	70982	70987	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017073	GCA	2	6	71011	71016	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_017073	CAAGG	2	10	71024	71033	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017073	A	6	6	71065	71070	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017073	ATT	2	6	71072	71077	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017073	AG	3	6	71080	71085	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017073	ACG	2	6	71092	71097	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_017073	GAT	2	6	72035	72040	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017073	GT	3	6	72087	72092	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017073	ATC	2	6	72129	72134	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_017073	CCTA	2	8	72152	72159	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
151	NC_017073	A	14	14	72173	72186	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017073	CTA	2	6	72232	72237	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_017073	CGCC	2	8	72238	72245	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
154	NC_017073	T	7	7	72330	72336	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017073	CTT	2	6	72340	72345	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_017073	ATG	2	6	72366	72371	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
157	NC_017073	CAATT	2	10	72494	72503	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
158	NC_017073	CTT	2	6	72653	72658	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_017073	A	6	6	72673	72678	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_017073	TCTA	2	8	72718	72725	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
161	NC_017073	TTA	2	6	72729	72734	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017073	TTC	2	6	72749	72754	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_017073	CCG	2	6	72800	72805	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
164	NC_017073	CTG	2	6	72811	72816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
165	NC_017073	CT	3	6	72836	72841	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
166	NC_017073	TA	3	6	72856	72861	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_017073	GGC	2	6	72918	72923	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
168	NC_017073	TTC	2	6	72924	72929	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_017073	T	6	6	73069	73074	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_017073	AT	3	6	73138	73143	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_017073	TG	3	6	73268	73273	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
172	NC_017073	GGA	2	6	73369	73374	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.